ほとんどは、その研究班で、過去に出したことがある雑誌に出すことが多いと思います。
あとは、自分が普段読んでる論文が、何の雑誌にのってるか、
そういうのでピックアップします。
はたまた、今便利な機能があり
「web of science」のページの一番上のほうの隅に「endonote」とあります。
そこから入って、自分の論文のタイトルとアブストラクト（抄録）を入力すると、以下のように適した論文の候補と
そのインパクトファクターを示してくれる機能があります。
こういうので選ぶと、予想外の雑誌とかでてきますので、おもしろいです。
自分が読んでた論文が載ってる雑誌といってもたくさんあると思いますから
その中から、序列を決めます。
どういう基準で序列を決めるかというと
一般的なのはインパクトファクターです。
インパクトファクターは、その雑誌にのってる論文が、他でどれだけ引用されたか
引用されている回数が多い論文が多くのってると、インパクトファクターは高くなり、
一般的には、インパクトファクターが高い雑誌を優先して掲載雑誌として選ぶことが多いような気がします。
その他にCI（citation index）、Eigen factorというのがあります。以下のサイトで医学図書館でわかりやすくまとめてあります。
参考にしてください。
ちなみに、Natureのインパクトファクターは、 41.456 Cellのインパクトファクターは 32.242 Scienceのインパクトファクターは 33.611
歯科系では私の歯内治療の分野ではJournal Of Endodotnics（JOE）が有名どころです。
そのほか一般的な医学系雑誌を以下にあげてみます。
TOP 10
CA-A CANCER JOURNAL FOR CLINICIANS 131.73
New England Journal of Medicine: 59.558
NATURE REVIEWS DRUG DISCOVERY:47.120
Lancet: 44.002
NATURE BIOTECHNOLOGY:43.113
NATURE REVIEWS IMMUNOLOGY:39.416
NATURE MATERIALS:38.891
NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY:38.602
NATURE:38.138
Annual Review of Astronomy and Astrophysics:37.846
ほかの有名ところ
Science：34.611
Cell：28.710
2016 歯科系雑誌 インパクトファクター
PERIODONTOLOGY 2000:4.949 （歯周病）
JOURNAL OF DENTAL RESEARCH:4.602 （総合）
ORAL ONCOLOGY:4.286 （口腔外科）
Clinical Implant Dentistry and Related Research:4.152 （インプラント）
DENTAL MATERIALS:3.931 （歯科理工）
JOURNAL OF CLINICAL PERIODONTOLOGY:3.915 （歯周病）
CLINICAL ORAL IMPLANTS RESEARCH:3.464 （インプラント）
JOURNAL OF DENTISTRY:3.109 （総合）
Molecular Oral Microbiology:3.061
JOURNAL OF ENDODONTICS:2.904 （歯内療法）
こういう選びかたもありますが、私でいうと、研究しているのがレーザーですので
歯科関係だけでなく、レーザー部門で雑誌を探したりすることも多いです。
自分がよく読む論文が載ってる雑誌っていうのが、掲載を目指す雑誌という感じになるでしょうか。
どの雑誌に出すのか、決まったら、まず、その雑誌のホームページを見てみます。
普通にぐぐってみてください。
（わかってるとは思いますが、上記のホームページは妄想です）
例えば、こういうトップページがでます。
そこで、All issue とか Current issue ってとこがあります。ここがバックナンバーだったり、最新号があるところです。
ここをみてみて、実際に論文を見てみてください。
これをお手本として、論文の雛形とするのが一番正確だと思います。
（一部、Ｆｒｅｅで見ることができることが多いです。九大図書館のデータベースのpubmed、scops,web of scienceなどから入っていくと、見れる論文数も多いかと思います。）
またそれと平行して、「author's guideline もしくは、For authors」というのが用意されているはずです
「instructions to authors」という表現もあると思います。
(ちなみに他の雑誌（ＪＤＲ）では、manuscript submissionというところにありました)
これは、論文の種類によって、何文字以内ですよ、とか、何をどこに書いてくださいとか
タイトルページにはこれを含めて書いてくださいねとか、事細かに書いてあります。
図のサイズはここまでにしてねとか、
参考文献（reference）も、著者名を先に書くのか、何人まで書いて、あとは省略していいのか、とか、名前の後にタイトルなのか、
タイトルの後に名前なのかとか、いろいろ雑誌によって決まりが違います。
そういう細かいところを必ずチェックしてください。このルールに則って書いていない論文は、ひどいときは、即却下されるらしいです。
学術誌に関して
editor-in-chief（編集長）
こんなえらい人は、会うわけじゃなし、かかわりない人だわって
思ってしまいがちですが、この人宛にcover letterを書かなくてはなりません。大事な人です。
雑誌のホームページに何気なく必ず書いてあります。
