私の場合は，
３年後期に第３希望まで用紙に記入して提出し，
GPAが高い人から順番に希望の研究室に配属されるという
決め方でした．
そのため，GPAが低かった人は希望の研究室に行けず，
希望していなかった研究室に配属されました．
しかし，研究室配属先の決め方は学部や学科，
さらには，年度毎にも変わる場合があり，一概には言えません．
６人の方に，研究室配属方法を聞いたところ，
・定員オーバーの研究室のみGPAで決める
・定員オーバーの研究室のみ「A」の数で決め，「B」や「C」はカウントしない
・GPAの高い人から研究室を選べる
・第３希望まで選んで，定員オーバーのところは話し合いで決める
・GPAを利用しないが，他の成績の順位で決める
・学生よりも研究室の数が多いため，GPAを利用しない
このように，各学部学科によって大きく異なるため，
同じ専攻の先輩に聞くと詳しく教えてもらえると思います．