このページでは少し発展編として、外科的な治療法について少し触れます。
外科的歯内療法には、排膿路の確保のための膿瘍切開や、根尖部病変の改善のための、根尖掻爬法、歯根尖切除術（＋逆根管充填法） 意図的再植法、などがあります。
大きさによりますが、根管経由での感染源の除去が困難な場合、根管の外からアプローチし、膿胞、感染源の除去を行います。
病変が生じている根尖部の歯根表面と、その周囲の組織を掻爬する方法です。
ただし根尖部に、病変の原因となる問題（側枝や破折）が発見された場合には次に紹介する歯根尖切除術の適用を考慮します。
国試的には以下のようになります。
＜根尖掻爬法＞
通法による根管治療では治癒が困難な根尖病変
根尖病変はあるが、根管拡大が根尖孔まで穿通できないもの（適切にできないもの）
根管充填材の過剰な溢出
→術式としては、歯肉切開からアプローチし、歯根の周囲の感染組織をこそぎとってくる術式です。歯根の長さは短くならずにすむという利点があります。
＜歯根尖切除術＞
明らかに副根管（側枝など）が原因で生じた根尖病変
根尖部付近の器具破折で除去が不可能なとき
大きな根尖病変や歯根嚢胞があり、感染根管治療では治癒が困難なとき
根管が先端で大きく湾曲しているなどの条件で、根尖部までの根管拡大など治療が十分に行えない場合
根尖部が破折やヒビがある症例
根管充填剤が根尖孔から溢出している場合
根尖性歯周炎があり、撤去不可能な歯冠修復があるもの
→術式としてが、歯肉からアプローチし、歯根周囲の感染組織をこそぎとるのはもちろん、歯根尖部分をカットすることで、根尖で、しかも根管内に残った掃除できていない側枝や、ヒビなども切除のときに、含めて除去できます。 ただし、歯根の長さが短くなるため、歯周病で支持歯槽骨が吸収している歯などは、頭でっかちの歯になってしまい、動揺などがおき、予後不良となりやすいです。
＜逆根管充填法＞：通常は歯根尖切除術と併用します。
通常の根管充填では封鎖が困難な症例
根尖孔が太く開いている症例
側枝由来の病変がある症例
根管内より封鎖できない根管壁穿孔の症例
→上記歯根尖切除でカットした切り口をラウンドバーや、超音波振動のレトロチップというものを用いて、根充されている部分を２，３ミリ切削し、凹みをつくります。これが逆根管充填用窩洞となります。この部分に、EBAセメントや、MTAなどを充填し、根管をおしりのほうから封鎖して密封してしまうという術式です。