EtBr (Ethidium Bromide : 臭化エチジウム) 染色とは、DNAを検出するための方法です．
電気泳動後のアガロースゲルをEtBr染色すると，移動したDNAの位置を知ることができます．
１，EtBrについて
２，インターカレートのイラスト
３，紫外線を照射して得られる画像(実験結果)
についてを簡単にまとめてある動画です．
YouTubeには意外といろいろ載っていますね．
Step1 アガロースゲルごとEtBr染色
PCR後のDNAは2本鎖になっており，
EtBrは2本鎖DNAに入り込みます(インターカレート)．
Step2 水で脱色
アガロースゲルを水に浸すことによって，
DNAに結合していないEtBrを取り除く．
Step3 紫外線照射
紫外線を照射すると，EtBrが励起され，基底状態に戻るときに蛍光を発します．
この蛍光を検出することによってDNAがどこにあるかを知ることができます．
この時に用いる紫外線の波長は以下の２パターンがあります．
① DNAの最大吸光波長である 260nm の紫外線
この波長の場合，紫外線をDNAが吸光し，そのエネルギーがEtBrに渡り，励起します．
そのため，DNAを特異的に検出できますが，DNAが損傷します．
② EtBrの最大吸光波長である 302 or 312nm の紫外線
この波長だと，EtBrが直接，紫外線を吸光し励起するため，DNAに結合していないEtBrも励起します．
そのため，背景の輝度があがりますが，DNAへのダメージは軽減されます．
実験に適した紫外線の波長を選びましょう！
EtBrは２本鎖DNAに
入り込む性質を持っており，
発がんの可能性が示唆されています．
十分に注意して実験を行いましょう！
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下図は実験結果のイメージです．
この図は，上から下にDNAが移動しています．
白いバンド がDNAの位置です．
(私が使用している装置は蛍光を白黒表示する)
左のレーンはサイズマーカー
(サイズが既知のDNA：市販されている)
真ん中のレーンはPCR産物
(サイズマーカーのバンドからDNAの長さ推定)
右のレーンはnegativeのPCR産物
(鋳型DNAを入れてないもの )
問題( ・∀・)っ旦
もしもDNAが２本鎖ではなく１本鎖だったら？