私がラボに配属されたのは3年の後期でしたが、前期から仮配属としてラボに通わせていただいていました。ラボに配属されてまず初めにすることは、「ラボに慣れる」ことと、「専門分野の勉強」です。
ラボには、それぞれ守らなければいけないルールがあります。研究活動をする上で一般的なルールから、ラボ特有のルールがあることも多いです。それらは、ラボを共有スペースとして使う上で事故やトラブルを予防するために作られたものですので、ルールをしっかり把握した上でラボを使用しましょう。初めは先生や先輩方に何事も聞いておくと良いと思います。同時に、実験機器の使い方もしっかり聞いておきましょう。私は一度、自分のうっかりでラボの実験機材を故障させかけました（結局は大丈夫でした）。同じ機材を使う先輩たちに迷惑をかけてしまいましたし、その機材の値段を知っていたためしばらく胃が痛い日々が続きました。。。二度とあんな思いはしたくありません。
そして、ラボに配属されると一気に分野の専門性が高まります。まずはラボの研究内容や過去の発表などから、その分野について勉強しましょう。しっかりとしたバックグラウンドの知識なくして、良い研究はできません。
研究テーマは、ラボにもよるかとは思いますが、基本的には複数の選択肢の中から興味のあるものを選ぶということが多いかと思います。主にどのような実験になりそうかなどはその際に教えてもらえると思うので、それを踏まえた上で自分の興味に合ったテーマを選びましょう。テーマが決定したら、関連する論文などをなるべく多く読み、参考になりそうな部分をメモしておきましょう。この際、Mendeleyなどを利用しながら情報の出典も書いておくと後々の作業が楽になります。
実験を始める前に、ラボの過去のデータや論文を参考に実験系を確認します。この際、実験のプロトコルだけではなく、サンプル数などの条件の設定や、その後のデータ処理（統計解析など）の方法も決めておくのが正しい実験の手順です。卒論までの時間は限られていますので、スムーズにデータをとるためにも実験計画はしっかり練っておくといいでしょう。
このガイドの最後のページにある「終わりに」で紹介している本も参考になるかもしれません！